Les interactions interlocus ont lieu entre les allèles à différents loci, c'est-à-dire entre les allèles de différents gènes.
Épistasie dominante - Il s'agit d'une interaction génique dans laquelle deux allèles d'un gène à un locus interfèrent et suppriment ou masquent l'expression phénotypique d'une paire différente d'allèles d'un autre gène à un autre locus. Le gène qui supprime ou masque l'expression phénotypique d'un gène à un autre locus est appelé épistatique . Le gène dont l'expression est gênée par des gènes non alléliques et empêche de manifester son caractère est dit hypostatique . Lorsque les deux gènes sont présents ensemble, le phénotype est déterminé par le gène épistatique et non par le gène hypostatique.
Chez la courge d'été, le locus de couleur du fruit a un allèle dominant « W » pour la couleur blanche et un allèle récessif « w » pour le fruit coloré. L'allèle 'W' est dominant et masque l'expression de n'importe quelle couleur. Dans un autre locus, l'allèle hypostatique 'G' est pour le fruit jaune et son allèle récessif 'g' pour le fruit vert. Dans le premier locus, le blanc domine la couleur tandis que dans le deuxième locus, le jaune domine le vert. Lorsque le fruit blanc de génotype WWgg est croisé avec un fruit jaune de génotype wwGG, les plantes F 1 ont des fruits blancs et sont hétérozygotes (WwGg). Lorsque des plantes hétérozygotes F 1 sont croisées, elles donnent naissance à F 2 avec le rapport phénotypique de 12 blancs : 3 jaunes : 1 vert.
Puisque W est épistatique aux allèles 'G' et 'g', le blanc qui est dominant masque l'effet du jaune ou du vert. Seuls les génotypes homozygotes récessifs ww peuvent donner des fruits colorés (4/16). Le 'wwgg' double récessif donnera des fruits verts (1/16) . Les plantes n'ayant que 'G' dans leur génotype (wwGg ou wwGG) donneront le fruit jaune (3/16).
